Ha sido internacional con la Selección de fútbol de Argentina Sub-20. Estuvo preseleccionado para disputar la Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2007 disputado en Canadá, pero finalmente, jugadores con más experiencia ocuparon su lugar. En 2009 fue convocado a la Selección de fútbol de Argentina Sub-21 por Sergio Batista para disputar el Torneo Esperanzas de Toulon, en Francia. El 9 de Noviembre de 2009,Perotti es convocado por Diego Armando Maradona, seleccionador del combinado sudamericano, para jugar un partido amistoso entre España y Argentina.